Durante el período Triásico (entre 251 y los 208 millones de años), en una época en la que todos los continentes estaban unidos formando el continente llamado Pangea, Salinas de Añana se encontraba sumergida bajo un gran océano. La evaporación de sus aguas provocó la deposición de grandes capas de evaporitas en su fondo que, con el tiempo, fueron cubiertas por otros estratos.

La existencia de sal en Añana se explica por el fenómeno geológico denominado Diapiro. En líneas generales, consiste en la ascensión hacia la superficie terrestre de materiales más antiguos debido a su menor densidad, del mismo modo que una burbuja de aire inmersa en un líquido tiene un movimiento ascendente. Este particular proceso comenzó en el caso que nos ocupa hace unos 220 millones, cuando las rocas evaporíticas del Triasico en facies Keuper -situadas a unos 5 kilómetros de profundidad- comenzaron a ascender a la superficie, arrastrado consigo los materiales que caracterizan el paisaje salinero: carniolas, ofitas, calizas. margas, arcillas, etc. Este proceso se encuentra aún activo.

El agua de lluvia caída sobre el Diapiro atraviesa, en primer lugar, los estratos superiores de roca y después, las capas de sal, aflorando de nuevo a la superficie en forma de surgencias hipersalinas. El conjunto de los manantiales existentes en Añana aportan un caudal medio de 3 litros por segundo, con una salinidad media superior a 250 gramos por litro.

El sistema hidrológico relacionado con el Diapiro se completa con el lago de Arreo, cuyas aguas, debido a su ubicación en una cuenca cerrada sobre evaporizas, son de carácter salino. Tanto el lago como Salinas de Añana contienen depósitos con importante información paleoambiental y paleoclimática, así como una biodiversidad típica de los humedales, lo que ha llevado a la necesidad de preservarlos mediante su inclusión en el listado RAMSAR de humedales de relevancia internacional.